Diciembre del Japón actual: Siete reyes con gran poder combaten entre ellos. El anime sitúa la historia cronológicamente una semana después del asesinato de Tatara Totsuka (justo después del final del manga K: Memory of Red) a manos del séptimo rey, el Rey Incoloro. Su supuesto asesino, Isana Yashiro, un estudiante de la ciudad se encuentra un día perseguido por HOMRA, quienes quieren matarle en venganza al asesinato de su compañero. Un tal Yatogami Kuroh lo salva en medio de la persecución. Sin embargo Kuroh conoce la historia del asesinato y tras haber salvado a Shiro, le dice que pretende matarlo como castigo. Pese a que todo apunta a que Shiro es el asesino, éste intenta convencerle de que se equivoca y al final terminan conviviendo juntos por un tiempo mientras Kuroh se asegura de que Shiro es inocente. La historia gira en torno al protagonista Shiro, su aliada y strain Neko y su compañero temporal Kuroh, que se enfrentarán a HOMRA mientras ellos tres y el SCEPTER 4 intentan averiguar la verdadera identidad del séptimo rey, y mientras se sucederán encuentros entre los miembros de SCEPTER 4 y HOMRA y la lucha entre sus respectivos reyes.